Началом второго этапа реформы можно считать 2003 год. Концептуальные основы этого этапа заложил Указ Президента Российской Федерации от 23 июля 2003 года №824 «О мерах по проведению административной реформы в 2003–2004 годах», где, в частности, был определен базовый принцип последовавших преобразований: организационное разделение правоустанавливающих, контрольных и распорядительных функций государственных органов.

На втором этапе реформы: завершено формирование нормативно-правовой базы, проведено широкомасштабное внедрение методов управления, нацеленных на конечный результат, введены стандарты государственных услуг и административных регламентов, в том числе электронных. Было осуществлено Внедрение типовых программ Административной реформы для субъектов РФ и муниципальных образований.

В Послании Президента России Федеральному собранию РФ на 2003 г. отмечалось, что "...бюрократия... обладает огромными полномочиями. Но находящиеся в ее руках количество полномочий по-прежнему не соответствует качеству власти..; такая власть в значительной степени имеет своим источником не что иное, как избыточные функции госорганов". Это обстоятельство и составляло фон, на котором предстояло провести административную реформу. В Послании поставлена задача: "провести радикальное сокращение функций госорганов. Конечно, это должно быть просчитано очень точно".

Внимание вопросам оптимизации функций федеральных органов исполнительной власти также было уделено в Послании Президента на 2004 г. В частности, Президент подчеркнул, что государственные функции, уже признанные избыточными, не должны быть реанимированы на уровне субъектов Федерации и муниципалитетов. «При дальнейшем сокращении функций министерств и ведомств важно учитывать и необходимость четкого урегулирования вопросов государственной и муниципальной собственности. Каждый уровень власти должен иметь только то имущество, которое необходимо ему для исполнения закрепленных за ним публичных полномочий - и не более того».

Как известно призыв в начале 90-х годов центральной политической власти к региональным властям «берите самостоятельности столько, сколько сможете» привел не только к «параду суверенитетов», но и как производному от этого - экономической автаркии регионов. Возникли торговые барьеры между регионами, развернулась борьба за имущество между федеральными и региональными властями, была нарушена система координации деятельности федеральных служб. Отсутствие четкого и ясного плана экономической и административной реформы привело к определенной анархии. Политическая элита осознала накапливающееся социальное напряжение в обществе, когда большая часть населения оказалась отброшенной от привычных, пусть и не высоких, социальных стандартов к стихии формировавшегося рынка с его неприглядными сторонами. Требовалось резко поменять политику в сфере государственного регулирования. В результате, государство усилило свою регулирующую роль в экономике и социальной сфере, в том числе путем практической национализации многих важнейших экономических объектов и структур. Экономическое и политическое состояние общества стабилизировалось и государство вновь вернулась к главной идее: поддержка развития положительных рыночных механизмов и инструментов регулирования экономики при сохранении должного уровня социальных стандартов для населения. Наступило время проведения комплекса административных реформ.

Новые зарождающиеся общественно-политические реалии требуют кардинального изменения социально-экономических условий, создания новой системы государственного управления.

Ключевым вопросом в решении этой проблемы является признание того, что для устойчивого развития демократических процессов в Российском обществе недостаточно лишь выстраивание «властной вертикали» и унификации нормативно-правового поля страны. В государственном строительстве важно системное административное реформирование, в результате которого необходимо создать механизмы взаимодействия государственной власти (государственного управления) и местного самоуправления всех уровней, а так же качества государственной службы.

Основной целью государственной реформы является совершенствование деятельности сложившихся государственных институтов в целях повышения их эффективности, связанное с изменившимися политико-экономическими запросами общества.

В России, начиная с 90-х годов прошлого столетия, проводятся крупномасштабные реформы, направленные на коренное преобразование системы государственного управления.

Административная реформа является одним из основных элементов, гарантирующих успешную модернизацию экономики, проведению глубоких преобразований в области государственного и муниципального управления; повышению эффективности в деятельности бизнес сообщества; преодолению накопившегося разрыва между социально-экономическим потенциалом общества и уровнем государственного управления в России.

Результатом реформы должно быть повышение результативности деятельности органов государственного управления. Реализуемый в рамках реформы комплекс мероприятий, коренным образом меняет сложившиеся общественные отношения и хозяйственную сферу.

Любая реформа, и административная не является исключением, требует разработки четкого алгоритма действий, определенного подхода к реформированию с целью обеспечения системности и последовательности проводимых изменений. В связи с проведением в России административной реформы перед реформаторами встает вопрос – как среди множества предложений и рекомендаций зарубежных и отечественных специалистов выбрать адекватный подход к решению этой сложной задачи. Результаты работы созданной Правительственной комиссии по проведению административной реформы, и проведенные в 2003-2004 годах преобразования в организационной структуре исполнительной власти, показали, что реформаторами была выбрана менеджериальная модель реформирования, основанная на постулатах теории нового государственного управления. Однако очевидно, что любая теоретическая модель, внедряемая в практику, несет определенные риски, имеет свои ограниченные возможности и границы применения, предопределенные как внешней, так и внутренней средой преобразуемого объекта.